부동산임대·중개업 세무 가이드: 상가 임대차 부가가치세와 권리금 세무 처리 실무

1. 상가 임대보증금 간주임대료 산정과 부가가치세·종합소득세 신고 기준

상가건물 부동산임대업을 영위하는 일반과세 사업자는 매월 수령하는 월세에 대해 부가가치세(10%)를 징수하고 전자세금계산서를 의무적으로 발행해야 합니다. 이때 임차인이 월세를 연체하거나 미납하더라도 공급시기(계약서상 대금을 받기로 한 약정일)가 도래하면 세금계산서를 반드시 발행해야 미발행가산세(2%)를 피할 수 있습니다.

더불어 보증금에 대해서도 세법상 정기예금이자율을 적용하여 이자 상당액을 매출로 간주하는 '간주임대료'를 부가가치세 과세표준에 포함해야 합니다. 간주임대료는 계산 공식에 따라 일수로 안분 계산되며, 세금계산서 발급 대상이 아니므로 부가가치세 신고서상 '기타(정규영수증 외 매출분)'란에 정확히 반영해야 합니다. 종합소득세 신고 시에도 부동산임대업 소득금액 계산 시 간주임대료를 총수입금액에 산입해야 하므로 누락에 각별한 주의가 필요합니다.

2. 상가 권리금 거래 시 세금계산서 수수와 8.8% 기타소득 원천징수 실무

상가 점포 양도양수 시 기존 임차인이 신규 임차인으로부터 수령하는 권리금은 세법상 '영업권의 양도'로서 과세 거래에 해당합니다. 양도인이 일반과세 사업자인 경우 권리금 총액에 대해 신규 임차인에게 부가가치세 10%가 포함된 세금계산서를 의무적으로 발행해야 하며, 신규 임차인은 이를 수취하여 부가가치세 매입세액공제를 신청할 수 있습니다.

동시에 권리금은 소득세법상 '기타소득'으로 분류되므로, 권리금을 지급하는 신규 임차인이 지급 시점에 원천징수의무를 이행해야 합니다. 권리금은 소득세법 시행령 제87조에 따라 지급금액의 60%를 법정 필요경비로 인정받으므로, 나머지 40%의 소득금액에 대해 20%(지방소득세 포함 총 22%)를 적용하여 실질적으로 권리금 지급 총액의 8.8%를 원천징수하여 다음 달 10일까지 관할 세무서에 납부하고 지급명세서를 제출해야 양수인 입장에서 권리금을 5년간 감가상각 필요경비로 전액 인정받을 수 있습니다.

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