[보도자료 / 정보성 세무 아티클 (광고 포함)] 기사 송출일: 2026년 9월 14일
병의원·약국 세무 가이드: 부가세 면세 사업장현황신고와 종합소득세 성실신고확인(5억 이상) 핵심 체크리스트

작성자: 이민우 회계사 (정평세무컨설팅)
TAX PRESS RELEASE


의원, 치과, 한의원, 약국 등 의료보건업은 국민건강보험공단 급여 진료와 비급여 시술이 혼재되어 있으며, 고가의 의료장비 리스와 봉직의(페이닥터) 등 고액 인건비가 발생하는 대표적인 고소득 전문직종입니다. 부가가치세 면세사업자로서 매년 2월 이행해야 하는 '사업장 현황신고'와 연간 수입금액 5억 원 이상 사업자에게 의무화된 '종합소득세 성실신고확인제도'의 엄격한 요건을 준수하는 것이 병의원 세무 리스크를 방어하는 핵심입니다.
1. 부가가치세 면세 사업자 세무: 과세·면세 겸영 안분과 2월 사업장 현황신고 핵심
의료법에 따른 의료업(병의원)의 진료용역은 원칙적으로 부가가치세가 면제됩니다. 그러나 피부 미용 시술, 성형수술, 치아 미백, 라식·라섹 등 일부 비급여 진료용역은 부가가치세 과세 대상(세율 10%)에 해당합니다. 따라서 비급여 시술을 병행하는 병의원은 면세사업자가 아닌 '과세·면세 겸영사업자'로 등록하여 과세 매출에 대해 1월과 7월에 부가가치세를 정규 신고해야 하며, 공통매입세액 안분계산을 통해 매입세액공제를 정밀하게 정산해야 합니다.
반면 순수 면세 진료만을 영위하는 일반 의원 및 한의원이라 하더라도 세무 의무가 끝나는 것은 아닙니다. 소득세법 제78조에 따라 매년 2월 10일까지 직전 연도 수입금액과 시설 현황, 매입처별 세금계산서·계산서 합계표를 관할 세무서에 보고하는 '사업장 현황신고'를 반드시 마쳐야 합니다. 이 신고를 통해 제출된 건강보험공단 청구액, 비급여 수입, 카드·현금영수증 매출 데이터는 5월 종합소득세 신고의 기준 데이터가 되며, 사업장 현황신고 누락 시에는 수입금액 불성실 가산세(0.5%)가 부과될 뿐만 아니라 국세청의 기획 세무조사 우선 검토 대상이 될 수 있습니다.
2. 종합소득세 성실신고확인제도: 수입금액 5억 원 이상 대상 판정과 세무 리스크 사전 점검
세법상 병의원 및 약국이 속한 보건업은 전문직 사업자군으로 분류되어, 당해 연도 수입금액이 '5억 원 이상'인 경우 종합소득세 성실신고확인 대상자로 확정됩니다. 성실신고확인 대상 사업자는 일반 신고 기한(5월 31일)보다 1개월 연장된 6월 30일까지 세무대리인이 작성한 '성실신고확인서'를 첨부하여 신고해야 합니다.
성실신고확인 과정에서는 수입금액 누락 여부뿐만 아니라 필요경비의 적격증빙(세금계산서, 계산서, 신용카드, 현금영수증) 구비 여부, 업무용 승용차 운행기록부 작성 실태, 가공 인건비(가족 허위 등재 등) 유무, 사업용 계좌와 개인 계좌 간 자금 이동 내역을 현미경 검증받게 됩니다. 만약 성실신고확인서를 기한 내 제출하지 않으면 산출세액의 5%에 달하는 무신고 가산세가 추징되고 수시 세무조사 대상자로 선정됩니다. 반면 정밀한 확인을 거쳐 정상 신고할 경우 성실신고확인 비용의 60%(최대 120만 원 한도)를 세액공제받고 의료비 및 교육비 세액공제 혜택을 온전히 적용받을 수 있습니다.
3. 정평세무컨설팅 맞춤 솔루션 안내
정평세무컨설팅과 이민우 회계사는 로컬 의원, 치과의원, 한의원, 대형 약국을 위해 '의료보건업 특화 사업장현황신고 및 성실신고확인 종합 세무 솔루션'을 제공합니다.
건강보험공단 요양급여비용 및 비급여 본인부담금 매출을 교차 검증하여 매출 누락을 차단하고, 고가 의료장비(MRI, CT, 레이저 기기 등)의 리스 비용과 감가상각을 최적 배분합니다. 봉직의(페이닥터)의 네트(NET)제 급여 계약에 따른 근로소득세 및 4대보험 원천징수를 오차 없이 설계하며, 6월 성실신고확인을 대비해 분기별 사전 모의 세무점검을 상시 지원합니다. (※ 병의원 및 약국 세무 기장 및 성실신고확인 수수료는 월간 진료수입 구간, 비급여 비율, 고용 인력 및 봉직의 수, 의료장비 리스 규모에 따라 객관적인 산정 기준에 의거하여 개별 산정되며, 대형 한방병원 및 공동개원 법인은 별도 협의 필요)
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