[보도자료 / 정보성 세무 아티클 (광고 포함)] 기사 송출일: 2026년 9월 13일
병의원·약국 세무 핵심: 수입금액 5억 성실신고확인 대상 기준과 현금영수증 의무발행 리스크 방어 전략

작성자: 이민우 회계사 (정평세무컨설팅)
TAX PRESS RELEASE


의원, 치과, 한의원 등 보건의료업은 연간 수입금액이 5억 원 이상일 경우 종합소득세 성실신고확인 대상자로 지정되어 세무대리인의 엄격한 검증을 거쳐 6월 30일까지 신고해야 합니다. 특히 피부·미용·치과 비보험 진료비나 고액 한약·비급여 의약품 결제 시 10만 원 이상 현금영수증 미발행(20% 가산세) 적발과 사적 경비(가사 경비)의 무리한 계상은 국세청 기획 세무조사의 핵심 타깃이 되므로 선제적 세무 관리가 필수적입니다.
1. 병의원·약국 종합소득세 성실신고확인 대상 기준과 중점 점검 항목
소득세법 제70조의2 및 동법 시행령 제133조에 따라 의원, 치과의원, 한의원 등 보건업을 영위하는 개인사업자는 해당 과세기간의 수입금액(국민건강보험공단 요양급여비용 + 자동차보험/산재보험 + 비급여 본인부담금 + 판매장려금 등) 합계액이 '5억 원 이상'인 경우 성실신고확인 대상자로 확정됩니다. 약국의 경우 일반의약품 도소매업과 조제보건용역이 결합되어 있어 업종별 수입금액 환산 안분 계산을 통해 대상 여부를 정밀 판정해야 합니다.
성실신고확인 대상자는 일반 사업자와 달리 공인회계사나 세무사에게 장부 기장 내역의 정확성을 검증받은 '성실신고확인서'를 첨부하여 6월 30일까지 종합소득세를 신고해야 합니다. 미제출 시 산출세액의 5%가 가산세로 부과되며 수시 세무조사 대상자로 즉각 선정됩니다. 주요 점검 항목으로는 ① 사업용 계좌 거래 내역과 장부상 수입금액의 100% 일치 여부, ② 페이닥터 및 간호 인력의 인건비 원천징수 적정성 및 가족(배우자, 직계존비속) 인건비 실제 근무 입증, ③ 고가 의료장비(레이저, CT, 체어 등) 리스료와 감가상각비의 명세화, ④ 병원 업무와 무관한 원장 개인 가사 경비(가족 식대, 골프장, 사적 차량 유지비 등)의 비용 제외 여부 등이 포함됩니다.
2. 비보험 수납액 현금영수증 10만 원 이상 의무발행 및 가산세 20% 방어
병의원과 약국은 소득세법 제162조의3에 따른 현금영수증 의무발행 업종입니다. 건당 10만 원 이상(부가가치세 포함)의 현금 및 계좌이체 수납에 대해서는 환자가 현금영수증 발급을 요청하지 않거나 인적사항을 밝히지 않더라도 거래일로부터 5일 이내에 국세청 지정 코드(010-000-1234)로 자진 발급해야 합니다. 특히 임플란트, 교정, 라식, 도수치료, 보약 등 고액 비보험 진료비를 결제할 때 '현금 결제 시 할인'을 제안하며 영수증을 발행하지 않는 관행은 치명적인 위험을 초래합니다.
환자의 탈세 제보(미발급 금액의 20% 포상금 지급 제도)나 전직 직원의 내부 고발, 세무조사 등으로 현금영수증 미발행이 적발되면 미발급 금액의 '20%에 해당하는 가산세'가 부과됩니다. 아울러 누락된 수입금액에 대해 최고 45%의 소득세 본세, 40%의 부정과소신고가산세, 납부지연가산세가 중복 추징되어 수납액 이상의 세금 폭탄을 맞게 됩니다. 따라서 전자차트(EMR)상의 환자 수납 내역과 실제 통장 입금액, 현금영수증 승인 내역을 매일 대사하여 누락을 원천 방지해야 합니다.
3. 정평세무컨설팅 맞춤 솔루션 안내
정평세무컨설팅과 이민우 회계사는 내과, 이비인후과, 정형외과, 피부·성형외과, 치과, 한의원 및 대형 문전약국을 위한 의료 세무 특화 서비스를 제공합니다. 공단 요양급여 지급 내역과 비급여 전자차트 데이터, 카드·현금영수증 승인 데이터를 1:1로 정밀 크로스체크하여 5억 원 수입금액 구간의 성실신고확인 리스크를 사전 시뮬레이션합니다.
또한 봉직의(페이닥터)의 세후 실수령액 보장(Net) 계약에 따른 퇴직금 및 근로소득세 정산 리스크를 합법적으로 재설계하고, 의료장비 감가상각 내용연수 최적화 및 청년고용증대세액공제 연계로 안전하고 실질적인 절세를 실현합니다. (※ 병의원 및 약국 세무 기장 및 성실신고확인 보수는 진료 과목, 페이닥터 및 근무 인원, 비보험 매출 비중, 연간 총 수입금액 규모에 따라 객관적인 산정 기준에 의거하여 개별 산정되며, 복수 원장 공동개원 및 병원급 의료법인 등 특수 케이스는 별도 협의 필요)
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기사 작성자: 이민우 회계사 (정평세무컨설팅) 문의: 02-2039-0178 | contact@jpmail.kr
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